Diese grundsätzliche Entscheidung floss auch in die Entwicklung des MEGA II ein. Der MEGA II wurde mit je einer Trag- und Taschenwagenhälfte konstruiert, die untereinander mit einer von den Waggons der Rollenden Landstrasse, Saadkms 690, abgeleiteten und im Normalbetrieb nicht zu trennenden Kurzkupplung verbunden sind.
Zusätzlich der Eignung für die neuen Megatrailer, wegen deren Umschlagtechnik mittels tiefliegenden Greifkantenbeschlägen ein sehr niedrig aufbauender Wagenrahmen erforderlich ist, sollten auch Container und Wechselbehälter mit grossen Höhenmassen alpenquerend befördert werden können. Damit war ein über die Ladelänge nicht in der Höhe gekröpfter Wagenrahmen erforderlich: Die verglichen mit der »Standardhöhe« von 1.175mm über Schienenoberkante (SOK), gemäss UIC-Merkblatt 571-4, sehr niedrige Aufstandshöhe von nur 855mm des MEGA II machte den Einsatz von Drehgestellen der Bauart Y31 Lsi(f) notwendig. Diese weisen gegenüber den häufiger verwendeten Drehgestellen der Bauarten Y25, Y27, Talbot DRRS und Niesky eine geringere Bauhöhe durch 760mm Laufkreisdurchmesser und maximal 18t Radsatzlast auf.

Konstruktiv besteht die Tragwagenhälfte des MEGA II, bezeichnet als »CT«, aus Doppel-T-Trägern, geschweist in Längs- und Queranordnung. Die als »SK« bezeichnete Taschenwagenhälfte besteht aus einer geschweisten Hohlkasten-Konstruktion.  Ähnlich des kurz zuvor entwickelten und von Hupac sowie Kombiverkehr beschafften vierachsigen Tragwagens Sggns 73' musste bei der Tragwagenhälfte des MEGA II der Wagenrahmen aussen um die Drehgestelle herumgeführt werden, wodurch sich eine ausgeprägte Taillierung ergibt. Bei der Taschenwagenhälfte läuft der Wagenrahmen aufgrund der notwendigen Taschenbreite gerade durch.
Einheitsmittig sind beide Wagenhälften neben der werkstattseitig lösbaren Kupplung mit einem Einzelpufferstössel pro Wagenhälfte miteinander verbunden. An den Endseiten der Doppeleinheit mussten zur Aufnahme UIC-konformer Zug- und Stosseinrichtungen (Puffer) massive, querliegende Hohlkästen vorgesehen werden. Diese geben dem MEGA II sein charakteristisches Aussehen als langgestrecke, niedrigliegende Doppeleinheit mit ihren massiven Kopfquerträgern.

Die Einheiten der 1997 bis 2001 beschafften ersten beiden Serien von insgesamt 225 Doppelwagen weisen eine LüP von 36.680mm auf, wobei die Wagenrahmen von Trag- und Taschenwagenhälfte jeweils 17.400mm messen, der zwischen beiden Hälften vorhandene Kuppelraum 640mm und die endseitigen Puffer je 620mm. Die Drehzapfenabstände betragen 13.350mm. Daraus ergibt sich eine Ladelänge für Container und Wechselbehälter von 16.920mm auf der Tragwagenhälfte und – bedingt durch den für den Sattelanhänger-Stützbock benötigten Platz – 16.300mm auf der Taschenwagenhälfte.

Die sehr langen durchgehenden Ladeflächen ermöglichen ein flexibles Beladeschema sowohl für kurze Wechselbehälter und Container als auch für Einheiten jenseits des 40' Masses. Hierfür verfügen beide Wagenhälften über Klappriegel mit ISO-Zapfen, die auf die Oberseite der Wagenrahmen geklappt werden. Weiterhin verfügt die Taschenwagenhälfte über eine klappbare Stützeinrichtung, die ein Durchhängen langer Wechselbehälter verhindert.
Der für den Transport von Sattelanhängern auf der Taschenwagenhälfte vorhandene Stützbock erlaubt mit den Höheneinstellungen 1.130mm und 980mm über Taschenboden die Verladung sowohl von herkömmlichen Sattelanhängern als auch Jumbo- und Megatrailern.

Die Konstruktion sieht die Belademöglichkeit mit bis zu 8,35m messenden »kurzen« Wechselbehältern sowie 14,90m »langen« Wechselbehältern /Containern vor. Dies ist insofern bemerkenswert, als bereits 1996 mit der EU-Richtlinie 96/53 praktisch europaweit und bis heute gültige Höchstabmessungen für Strassenfahrzeuge festgelegt wurden. Hieraus ergeben sich auch die möglichen Abmessungen für intermodale Ladeeinheiten, die zudem in EN-Normen festgelegt sind und als maximale Längenmasse 7,82m bei »kurzen« Wechselbehältern (sog. Klasse C) und 13,60m bei den »langen« der Klasse A vorsehen. Behälter der 8m sowie 14m Klasse waren lange Zeit immer wieder im Gespräch, wurde seitens der Gesetzgeber jedoch nicht zugelassen.

Gerade der 8m Behälter, mit einer tatsächlichen Länge zwischen 8,05m und 8,25m, wurde in Kombination mit einem 6m Behälter als optimale Ausnutzung der bis 1991 zulässigen Gesamtlänge eines Lastzuges – d.h. LKW mit Anhänger – von 18m betrachtet.. (Verlängert auf 18,35m durch EU-Richtlinie 91/60 und 1996 dann auf die auch heute noch gültigen 18,75m. Sattelzüge waren bereits seit 1989 bis 16,50m zulässig.) Allerdings unter dem Preis zweier unterschiedlich langer Behälter mit allen hieraus erwachsenden logistischen Problemen und einer in Palettenstellplätzen gemessenen nicht optimalen Platzausnutzung.

Tatsächlich bestand an die Hupac Mitte der 1990er Jahre seitens Verladern die Anforderung, 8m Behälter zu befördern. Entsprechende Verkehre waren gegenüber dem Gesamtaufkommen gering, haben jedoch stattgefunden.